蛍光ターゲットの捕捉による機能的キラー細胞の同定、選別、およびプロファイリング

Nature Biomedical Engineering (2023)この記事を引用

10 オルトメトリック

メトリクスの詳細

細胞媒介細胞毒性を評価するためのアッセイは主に標的細胞中心であり、細胞毒性エフェクター細胞の部分集団を同定および分離することはできません。 ここでは、共培養における機能的キラー細胞亜集団の正確な同定と分類のためのフローサイトメトリーと互換性のあるアッセイについて説明します。 私たちが PAINTKiller (キラー細胞の近接親和性細胞内転移同定) と名付けたこのアッセイは、溶解した細胞傷害性細胞 (具体的には細胞表面) の表面に溶解した細胞によって「ペイントされた」細胞内蛍光タンパク質の検出に依存しています。細胞内フルオレセイン誘導体であるカルボキシフルオレセインスクシンイミジルエステルは、全白血球表面受容体CDに対する抗体に結合した抗フルオレセインイソチオシアネートに対する抗体によってナチュラルキラー細胞の表面に捕捉されます45)。 このアッセイは、細胞の細胞毒性に関連する分子経路の分析のために単細胞 RNA シーケンスと統合することができ、機能的免疫応答の相関関係を明らかにするために使用できます。

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厳選された特徴的な遺伝子セットは、Molecular Signatures Database (MSigDB、v.7.4) から公的に入手可能です。 PAINTKiller-seq の配列データは、GEO データベースからアクセス番号 GSE207508 で入手できます。 この文書で説明されている結論を評価するために必要なすべてのデータは、この文書とその補足情報に含まれています。 研究中に生成された生のデータセットと分析されたデータセットは、合理的な要求に応じて対応する著者から研究目的で利用できます。 ソースデータはこのペーパーに付属しています。

図に示されている分析を再現するための R コードは、Zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.8004120) で入手できます。

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